با فتح قبرس توسط عثمانی‌ها این کلیسا به مسجد تبدیل شد اما مسیحی‌ها در سال ۱۵۸۹ این بنا را به قیمت زیادی خریدند و دوباره آن را به کلیسا تبدیل کردند.
کلیسای سنت لازاروس یکی از مهمترین آثار بیزانس در قبرس است که قدمت آن به اواخر قرن ۹ برمی گردد و بر روی بقایای دو کلیسای دیگر ساخته شده است. این کلیسا توسط لئوی ششم به خاطر انتقال بقایای سنت لازاروس به قسطنطنیه ساخته شد. در واقع این کلیسا، یادبودی برای آجیوس لازاروس یکی از رسولان عیسی مسیح است. لازاروس در سال ۳۳ میلادی به قبرس رفت و اولین مبشر مسیحیت این جزیره شد و بعد از مرگ هم در همین شهر به خاک سپرده شد.
این کلیسا سنگ کاری‌های جذابی دارد که با غروب خورشید در هنگام غروب رنگ گرم جذابی پیدا می‌کند برای همین خیلی‌ها دوست دارند در هنگام غروب به دیدن این کلیسا بروند. البته به غیر از نور طلایی خورشید در شب قسمت‌های مختلف کلیسا پر از نور‌های طلایی می‌شود و جلوه‌ی خاصی پیدا می‌کند. کنده کاری‌های روی این کلیسا جذاب است و در هر گوشه‌ای می‌توانید عکس‌های به یاد ماندنی و کارت پستالی بیندازید.
تاریخچه کلیسای سنت لازاروس
عرب‌ها از سال ۶۴۹ مدتی بر قبرس حکومت کردند و این طور که مشخص است محل قبر لازاروس در آن دوره گم شده بود. در سال ۸۹۰ قبری در لارناکا پیدا شد که نوشته‌های روی کتیبه اش نشان می‌داد مقبره‌ی لازاروس است. امپراتور لئوی ششم بقایای لازاروس را در سال ۸۹۸ به شهر خودش قسطنطنیه فرستاد. این بقایا بعد‌ها در قرن ۱۳ در طی جنگ‌های صلیبی چهارم به سرقت رفت و به مارسی برده شد. امپراتور لئو در ازای این جابجایی در اواخر قرن ۹ و اوایل قرن ۱۰ کلیسایی به اسم لازاروس را در قبرس و در همان محل کشف مقبره لازاروس ساخت.
با فتح قبرس توسط عثمانی‌ها این کلیسا به مسجد تبدیل شد و در همان اوایل دوره‌ی عثمانی سه گنبد و برج ناقوس کلیسا از بین رفتند، اما به دلیل اینکه در این محل یک قبرستان مسیحی وجود داشت مسیحی‌ها در سال ۱۵۸۹ این بنا را به قیمت زیادی خریدند و دوباره آن را به کلیسا تبدیل کردند. در آن زمان پادشاهان عثمانی ساخت برج ناقوس در کلیسا را ممنوع کرده بودند، چون می‌ترسیدند در این محل آشوب و طغیان صورت بگیرد.
در سال ۱۹۷۰، آتش سوزی بیشتر بخش‌های کلیسا را از بین برد. در طول نوسازی‌های سال ۱۹۷۲ با حفاری‌های باستان شناسی در محوطه و داخل این کلیسا یک تابوت مرمری و آثار هنری زیادی پیدا شد. در زیر محراب کلیسا بخشی از بقایای از اسکلت انسانی در یک کلیسای مرمری پیدا شد و مشخص شد بخشی از بقایای لازاروس در همین کلیسا مانده است.
