از همان ابتدای تاریخ کلیسا، در این خصوص که کدام نوشته‌ها باید جزو کتابهای کاننی عهد جدید قرار گیرند، توافق نظر وجود داشته است. در سال ۲۰۰ میلادی، عهد جدید تقریبا شامل همان کتابهایی بود که امروزه در کتاب مقدس وجود دارند. با وجود این، در مورد چند کتاب اختلاف نظر وجود داشت؛ این اختلاف نظرها تا قرن چهارم میلادی ادامه یافت. برخی از آبای کلیسا تردید داشتند که آیا کتابهای عبرانیان، یعقوب، دوم پطرس، دوم و سوم یوحنا، یهودا و مکاشفه باید جزو کتابهای کاننی عهد جدید بشمار بیایند یا نه. علاوه بر این، نوشته‌های دیگری نیز وجود داشت که به دست رهبران مسیحی در اواخر قرن اول نگاشته شده بود؛ برخی از آبای کلیسا بر این عقیده بودند که این نوشته‌ها نیز باید جزو کتابهای کاننی محسوب شوند؛ برخی دیگر با این نظر مخالف بودند. اما در پایان قرن چهارم میلادی، تمامی این اختلاف نظرها پایان یافت و تمامی کلیساها در سطح جهان عهد جدیدی را که اکنون در اختیار ما است، رسما به عنوان کتابهای مقدس و کاننی پذیرفتند. از آنزمان به بعد، اختلاف نظری در مورد هیچ یک از کتابهای عهد جدید وجود نداشته است.
تصمیم گیری در مورد این که کدام یک از کتابها باید جزو کانن عهد جدید باشند، بر اساس چهار عامل انجام شد. نخست اینکه هر کتاب باید توسط یکی از رسولان یا اشخاص نزدیک به آنها نگاشته شده باشد. دوم آنکه محتوای آن کتاب باید از سطح والای روحانی برخوردار بوده و با تعلیم عهد عتیق و رسولان تطابق داشته باشد. سوم، آن کتاب باید از سوی اکثریت قاطع کلیساها پذیرفته شده باشد. و چهارم، آن کتاب باید به روشنی توسط خدا الهام شده باشد. در خصوص اینکه کدام کتاب باید جزو کانن عهد جدید باشد، کلیسای اولیه تحت هدایت روح‌القدس قرار داشت. در این امر، سلیقه شخصی دخیل نبود؛ عمل روح‌القدس بود که آبای کلیسا را هدایت می‌کرد.
